手机系统升级后，已安装的软件通常不会丢失，但具体情况需结合升级方式及手机类型综合判断：

### 一、系统升级（如OTA或iTunes同步）

**数据与软件保留**

通过官方渠道（如手机设置中的系统更新或iTunes）升级时，手机内的应用、照片、联系人等数据通常会保留。

**兼容性问题处理**

若遇到不兼容的应用，系统可能会提示重新下载或更新，但原有数据不会丢失。

### 二、系统重装（如刷机）

**数据丢失风险**

刷机（尤其是降级或刷入非官方版本）会清除所有数据，包括安装的应用。

**数据备份建议**

升级前建议通过云备份或电脑端工具（如iCloud、第三方备份软件）备份重要数据。

### 三、注意事项

- **官方渠道安全性** ：仅通过设备设置或可信渠道升级，避免第三方修改导致数据丢失。

- **云服务依赖** ：部分手机需开启云备份功能，确保升级后能同步数据。

- **兼容性检查** ：升级前可查看应用商店是否支持新系统版本，避免安装失败。

综上，正常系统升级不会导致软件丢失，但刷机等特殊操作会清除数据，建议根据实际情况选择升级方式并做好备份。