根据您描述的情况，苹果系统升级后软件库丢失的问题，可能由不同原因导致，以下是具体分析及解决方案：

### 一、系统升级导致应用丢失的常见原因

**越狱设备升级**

若设备处于越狱状态升级系统，需通过iTunes恢复出厂设置，此操作会删除所有数据。但系统内置应用通常不会丢失，第三方越狱应用需重新安装。

**数据未同步**

升级前未使用iTunes备份，或备份不完整，可能导致部分数据丢失。

### 二、解决方案

**使用iTunes备份恢复数据**

- 通过电脑连接设备，使用iTunes备份功能备份数据。

- 升级后重新安装丢失的应用，部分数据可能通过iCloud同步恢复。

**检查系统版本**

- 确认是否为系统升级（如从iOS 5升级到iOS 7），系统内置应用通常不会丢失。

**尝试重启设备**

- 简单重启可能解决临时性系统故障，部分应用会自动恢复。

### 三、注意事项

- **官方建议** ：升级前确保设备连接稳定Wi-Fi，避免因断网导致升级失败。

- **越狱风险** ：越狱设备升级需谨慎处理数据，部分第三方工具可能无法保证兼容性。

- **数据备份** ：建议定期使用iCloud或iTunes备份重要数据，包括照片、联系人等。

若以上方法无效，建议联系苹果官方支持或专业维修人员处理。