关于iPhone升级系统后软件是否丢失的问题，综合搜索结果分析如下：

### 一、系统升级与软件保留情况

**系统升级不会删除原有应用**

苹果官方系统升级（如从iOS 5升级到iOS 7）不会删除已安装的应用程序、照片、通讯录等数据。系统更新本质上是软件的升级，与刷机（清除所有数据）有本质区别。

**越狱设备升级的影响**

- **数据保留** ：越狱后的应用、照片、通讯录等数据在系统升级后不会丢失。

- **功能限制** ：升级后需重新越狱才能恢复第三方应用，且越狱设备无法使用非官方渠道下载的应用。

### 二、可能引发软件丢失的情况

**强制刷机或第三方刷机工具**

使用非官方刷机包或工具（如iTools）可能导致数据丢失或设备变砖。

**存储空间不足**

升级过程中需下载较大文件，若设备存储不足，可能导致部分应用无法安装。

### 三、数据备份与恢复建议

**常规系统升级**

- 通过iPhone「设置→通用→软件更新」完成升级，系统会自动备份数据。

- 升级失败时可通过iTunes恢复备份。

**越狱设备管理**

- 升级前使用iTunes或iCloud备份数据。

- 升级后若需使用第三方应用，需重新越狱。

### 四、特殊注意事项

- **系统版本差异** ：部分用户提到的iOS 5升级到iOS 7的情况，系统升级流程与普通更新一致，数据不会丢失。

- **设备激活问题** ：刷机后需重新激活设备，部分第三方工具可能影响激活流程。

综上， **常规系统升级不会导致软件丢失** ，但需注意备份和设备兼容性。若涉及越狱设备，升级后需谨慎管理第三方应用。